El área de Microbiología está repartida en cuatro laboratorios, tres de ellos dentro de los propios centros hospitalarios (Hospital Universitario Mutua de Terrassa, Hospital Universitario Consorcio Sanitario de Terrassa y Fundación San Juan de Dios de Martorell) y uno central de referencia en Viladecavalls.
En los laboratorios hospitalarios se lleva a cabo la microbiología urgente (tanto bacteriología como molecular) y se procesan las muestras de los pacientes ingresados. También se llevan a cabo estudios de infecciones relacionadas con la asistencia sanitaria, controles ambientales y colonización de microorganismos multirresistentes. Desde el laboratorio también se participa en diferentes grupos de trabajo y comisiones hospitalarias, y su trabajo es esencial en los Programas de Optimización del Uso de Antibióticos (PROA).
El laboratorio central de referencia está situado en Viladecavalls. Es el laboratorio donde se centralizan todas las determinaciones procedentes de atención primaria. Consta de las siguientes áreas: