Genètica
Optimització del temps i millora en qualitat al servei de genètica mitjançant l’automatització de proves amb l’analitzador ELITe InGenius
Els protocols de genètica es caracteritzen normalment per una elevada complexitat i múltiples processos manuals. Molts d’aquest protocols, com aquells basats en la reacció en cadena de la polimerasa a temps real (qPCR), són similars als utilitzats a la secció de Microbiologia molecular. Aprofitant que aquesta secció es va avançar en l’adquisició d’equips automatitzats degut a la pandèmia de SARS-CoV-2, des de la secció de genètica s’ha procedit a integrar una part de la nostra activitat en aquests equips, aconseguint una millora substancial en quant a disminució dels temps de resposta, una disminució del temps de dedicació tant tècnic com facultatiu, un menor risc d’errors pre i postanalítics i una millor traçabilitat de tot el procediment.
Consentiment informat per estudis genètics: array-CGH i seqüenciació d’exoma
Els estudis genètics disponibles a dia d’avui proporcionen gran quantitat d’informació, que pot ser complexa, difícil d’entendre i assimilar.
A l’àrea de genètica de Catlab hem redactat un document complet, aprovat pel Comitè d’Ètica Assistencial de l’Hospital Universitari Mútua de Terrassa, que conté la informació necessària per a guiar tant al professional mèdic com al pacient. El document conté també el propi consentiment, que ha de ser signat, prèviament a l’obtenció de les mostres i la seva anàlisi, tant pel pacient com pel professional sanitari que l’atén.
Aquest document estarà disponible per tots els professionals a través d’HCIS, i quedarà registrat a la història clínica del pacient.
Informació per a pacients: Estudis genètics
El departament de Genètica de Catlab ha dut a terme una nota informativa adreçada a pacients on s'explica de manera breu però clara en què consisteix un estudi genètic, quina mostra és l'adient i quins mètodes existeixen actualment.
Així mateix, els pacients també trobaran informació relacionada amb la interpretació dels resultats i els avantatges de la realització d'aquests tipus d'estudis.
Estudi genètic de l'expansió de l'hexanucleòtid G4C2 en el gen C9orf72,associat a la demència frontotemporal i a l'esclerosi lateral amiotròfica
La Demència Frontotemporal (DFT) es considera una de les formes de demència més comunes en la població menor de 65 anys, amb una prevalença de 10 casos per 100.000. Els pacients amb DFT pateixen una degeneració de les neurones en els lòbuls frontal i temporal que condueix a canvis de comportament i personalitat, dèficits en les funcions executores i deficiències del llenguatge. L’expansió del gen C9orf72, es considera la causa genètica hereditària més comuna per a les dues malalties. Seguidament es descriu el procés d'avaluació d'aquesta expansió al laboratori Catlab.
GENÈTICA - Array CGH en patologies del neurodesenvolupament
La prevalença en la població general de patologies del neurodesenvolupament s'estima en un 1-3 %. Les proves genètiques permeten un pronòstic més precís. Avui en dia, s'ha substituit l'anàlisis cromosòmic convencional per les tècniques d'array d'hibridació genòmica comparada (aCGH). A Catlab, des de 2014 es realitzen estudis amb la tècnica aCGH, assolint un bon rendiment diagnòstic. Els bons resultats son producte de l'estreta relació amb els clínics, el treball conjunt en l'orientació diagnòstica, i l'abordatge a seguir en cada cas, amb el valor afegit de l'orientació cap a l'assessorament de les famílies.
GENÈTICA - Estudi farmacogenètic de les variants del Gen DPYD en malalts oncològics
Les fluoropirimidines són compostos anticancerígens que actuen com antimetabòlits en les quimioteràpies de diversos tumors. S'ha de controlar bé la seva administració, ja que un excés de metabòlits pot desencadenar toxicitat. L'eliminació d'aquests metabòlits està controlada principalment per l'activitat de l'enzim DPD. El gen DPYD codifica l'enzim DPD. És un gen altament polimòrfic, i la detecció de les variants, permet fer una predicció de l'activitat enzimàtica abans de començar el tractament i així prevenir els efectes adversos per la deficiència de DPD. Així, en funció de les variants trobades es realitza un càlcul de la capacitat del pacient per a metabolitzar les fluoropirimidines. Amb això podem categoritzar els pacients en funció de la capacitat de metabolització, i es pot corregir i personalitzar la dosi del fàrmac estàndard.
GENÈTICA - Estudi de reordenaments en la inestabilitat de microsatèl·lits de l'ADN tumoral
El sistema de reparació per aparellament erroni (MMR) repara petits errors de seqüència, produïts a la replicació del DNA. Certs subtipus tumorals presenten com a mecanisme desencadenant un defecte als gens del MMR, el que els confereix un comportament biològic i un pronòstic diferent a altres tumors del mateixos teixits. Aquest defecte es manifesta a nivell molecular com a una inestabilitat en la mida de regions gèniques denominades microsatèl·lits. A Catlab, es realitza l’anàlisi de cinc regions microsatèl·lits, mitjançant PCR i electroforesi capil·lar sobre mostres parafinades de teixit tumoral, com a marcador de deficiència del sistema MMR.
EXTRAANALÍTICA - Cribratge d'aneuploïdies en sang materna
Aquest mes de novembre s'ha posat en marxa el nou Protocol de l'embaràs, que inclou la prova del cribratge d'aneuploïdies en sang materna, i que permet la detecció de DNA del fetus a la sang de la mare a partir de la setmana 12, per a dones, en que el cribratge bioquímic sigui d'alt risc i de risc intermedi. El cribratge consisteix en la detecció d'anomalies numèriques dels cromosomes 13,18 i 21. Es a dir, detecció de Síndrome de Down (trisomia 21), Síndrome d'Edwards (trisomia 18) i Síndrome de Patau (trisomia 13).
GENÈTICA - Marcadors moleculars en glioma
El glioma és el tumor primari més comú entre els tumors malignes intracranials. Hi ha un nombre creixent de biomarcadors en glioma en l'àmbit de la investigació, però actualment en rutina se n'utilitzen tres : Codeleció 1p/19q; Mutació de IDH 1/2; i Metilació de MGMT.
GENÈTICA - Clonalitat TCR
El receptor de cèl·lula T (TCR), és un receptor de membrana, present als limfocits T (LT) madurs, i format per dues cadenes polipeptídiques transmembrana diferents. Els limfocits T αβ, constitueixen al voltant del 95% del total de limfocits T circulants en sang perifèrica, i són els més ben caracteritzats respecte la seva biologia i funcions. El seu TCR és un heterodímer format per una cadena α i una β. Els gens que codifiquen per a cadascuna de les cadenes del TCR, estan formats per un conjunt de segments diferents que, durant la maduració del LT, s'uneixen de forma aleatòria i irreversible, a través d'un procés dirigit de recombinació somàtica del DNA. L'estudi dels reordenamients gènics dels gens codificants del TCR, és un marcador de clonalitat i, per tant, de malignitat, ideal en el diagnòstic i seguiment dels SLP de llinatge T.
CITOGENÈTICA - Mutacions al Gen FLT3 i Leucèmia Mieloide Aguda(LMA)
El receptor FLT 3 es troba present en els precursors hematopoètics normals del
moll de l’os, i té un paper fonamental en la proliferació i supervivència cel·lular. El gen que codifica per la proteïna FLT3 es troba localitzat en el cromosoma 13 q12, i les mutacions en aquest gen es presenten amb una elevada freqüència en pacients amb LMA. La mutació més freqüent és la duplicació interna en tàndem (FLT3-ITD); que és un factor de mal pronòstic en LMA, i està associada a progressió clínica i recaiguda.
CITOGENÈTICA - Marcadors genètics en la classificació de Síndromes mieloproliferatives
Les neoplàsies mieloproliferatives (NMP) són desordres clonals de les cèl·lules precursores hematopoiètiques, caracteritzades per la proliferació d’una o més línies mieloides. Clàssicament, les NMP es subdividien en funció de si es detectava cromosoma Philadelphia (BCR/ABL1), que confirmava una leucèmia mieloide crònica (LMC), o, si el pacient era BCR/ABL1 negatiu, s’utilitzaven criteris clínics. Actualment, l’estudi de l’estat mutacional dels gens JAK2, MPL i CALR, té un paper important en la classificació de diferents subtipus de NMP.
CITOGENÈTICA - Array-CGH
La tecnologia d’array-CGH permet detectar canvis de dosi (canvis de nombre de còpia o CNV), al llarg de tot el genoma. La tècnica es basa en la hibridació competitiva entre un DNA de referència i el d’un pacient.
CITOGENÈTICA - Nou mètode de cribratge prenatal no invasiu. Estudi d’aneuploïdies fetals en sang materna
Basant-se amb l'estudi del DNA fetal circulant en sang materna, s'han desenvolupat noves tècniques de cribratge d'aneuploïdies prenatals, amb una elevada sensibilitat i especificitat.
CITOGENÈTICA - Document de consentiment informat per a la realització de proves genètiques
Per a les proves orientades al diagnòstic genètic, és necessari i obligat que els pacients coneguin les implicacions d'aquestes proves abans de la seva realització, i la millor garantia de que aquest procés serà apropiat és el document de consentiment informat.
CITOGENÈTICA - Estudi citogenètic de restes abortives
Aproximadament del 10-15% dels embarassos clínicament reconeguts acaben en avortament, la majoria d’aquests es produeixen al primer trimestre, i el 50% d’aquests estan associats a anomalies cromosòmiques.
CITOGENÈTICA - Microdelecions Cromosoma Y
La infertilitat és un problema que afecta al 10-20% de les parelles. En alguns dels casos, la causa són microdelecions a la porció distal del cromosoma Y.
CITOGENÈTICA - Quantificació de la reorganització BCR-ABL
Existeixen algunes anomalies citogenètiques recurrents a les malalties hematològiques malignes, i la primera en ser descrita va ser la translocació t(9;22)(q34;q11).